Studi Kekerabatan Padi Hasil Piramidisasi Berbasis Marka Molekuler dan Fenotipik

Abstrak

Piramidisasi gen adalah upaya untuk menggabungkan beberapa gen yang menguntungkan dari banyak tetua menjadi satu genotipe tunggal. Hasil tinggi, tahan terhadap wereng cokelat, kandungan amilosa sedang, umur genjah dan aromatik adalah beberapa sifat yang diharapkan untuk digabungkan. Melalui teknik piramidsasi, telah diperoleh 28 genotip, namun analisis kekerabatan genetik, sebagai pertimbangan dalam pengambilan keputusan pada tahapan pemuliaan selanjutnya, belum dilakukan. Kombinasi gen ini dicapai dengan persilangan banyak genotipe tetua dengan karakter unggul yaitu Sintanur (aromatik), Pandan Wangi (aromatik), IR64 (kandungan amilosa sedang), PTB33 (tahan wereng coklat), Ciapus (hasil tinggi) dan KA (umur genjah). Tujuan percobaan ini adalah untuk memperoleh hubungan genetik genotip dalam sifat-sifat agro-morfologi dan marka molekuler. Analisis hubungan kekerabatan antara tetua dan 28 genotip piramidisasi dilakukan menggunakan software XLSTAT2016 untuk membentuk matrik similarity shared allele distance dengan koefisien Jaccard sebagai pembentuk jarak genetik untuk marka molekuler dan koefisien korelasi pearson untuk marka fenotipik. Kemudian dilakukan pengelompokan atau clustering dengan metode Unweighted Pair Group Method with Arithmetic Averages (UPGMA). Hasil pengelompokan berdasarkan marka molekuler dengan menggunakan 11 marka yang terkait erat dengan tujuh karakter target, diperoleh koefisien kemiripan sebesar 41,3% dan terbentuk dua kelompok, sedangkan hasil pengelompokan berdasarkan marka fenotipik dengan 14 karakter agro-morfologi terbentuk tiga kelompok dengan tingkat kemiripan 22,2%. Genotipe SPxCAKA1B, SPxPP3B dan PPxIP4B   dapat dimanfaatkan sebagai tetua atau genotipe harapan karena memiliki jarak kekerabatan yang paling jauh diantara genotip lainnya.