PERBANDINGAN BEBERAPA METODE ISOLASI DNA UNTUK DETEKSI DINI KOI HERPES VIRUS (KHV) PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio L.)

Abstrak

Penelitian ini telah dilakukan di Laboratorium Bioteknologi Perikanan, Fakultas Perikanan dan Ilmu Kelautan Universitas Padjadjaran. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui efektifitas dalam memperoleh konsentrasi dan kemurnian DNA serta efisiensi waktu pengerjaan dari metode isolasi DNA dengan membandingkan beberapa metode isolasi DNA diantaranya ektraksi DNA dengan Kit (Promega), CTAB dengan phenol, modifikasi CTAB, dan ekstraksi DNA dengan thermal lysis. Parameter yang digunakan adalah nilai kemurnian dan kualitas DNA hasil isolasi yang diperoleh dari analisis spektrofotometri dan analisis elektroforesis serta efisiensi waktu pengerjaan. Sampel yang digunakan adalah jaringan insang dan sirip ikan mas. Konsentrasi DNA dan kemurniannya diukur dengan metode spektrofotometri, sedangkan untuk visualisasi DNA hasil isolasi menggunakan metode elektroforesis serta pengujian keberadaan KHV dideteksi dengan bantuan PCR dengan menggunakan Primer pendeteksi KHV. Penelitian ini menggunakan metode survei dengan analisis deskriptif kualitatif. Hasil penelitian secara umum menunjukkan bahwa metode modifikasi CTAB memberikan hasil isolasi DNA dengan konsentrasi yang tertinggi yaitu 70,10 μg/ml dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,9-2,0. Namun waktu yang dibutuhkan untuk pengerjaannya cukup lama. Metode ekstraksi DNA dengan thermal lysis memiliki waktu pengerjaan yang singkat. Namun konsentrasi DNA yang diperoleh cukup rendah yaitu 9,25 μg/ml dengan nilai kemurnian berkisar antara 1,6-1,8.