MOLECULAR CHARACTERISATION of Polymesoda erosa (Solander, 1786) INHABIT TWO DIFFERENT HABITATS

Abstrak

Respon awal dari organisme terhadap polusi
adalah detoksifikasi melalui proses fisiologi, namun
sebenarnya, respon sudah terjadi pada level molekuler.
Pada level molekuler, bahan pencemar dapat
menyebabkan kerusakan kromosom atau mutasi
DNA. yang dapat mengakibatkan hilang atau
munculnya situs restriksi. Oleh karena itu, sangat
mungkin utnuk melakukan deteksi pencemaran
menggunakan penanda molekuler seperti PCRRFLP
gen sitokrom c oksidase 1. Penelitian ini
dilakukan menggunakan metode survey dengan
pengambilan sampel secara purposive random
sampling. Sampel kerang totok dikoleksi selama
sampling pada bulan April 2011 di Sungai Donan
dan Segara Anakan Cilacap. Enzim restriksi yang
digunakan sebanyak 10 buah. Enzim terpilih,
kejadi-an mutasi, dan karakter molekuler analisis
secara deskriptif berdasarkan kemunculan dari
fragmen RFLP pada gel agarosa. Hasil penelitian
menunjukan bahwa enzim yang dapat memotong
gen sitokrom c oksidase 1 pada Polymesoda erosa
dari Segara Anakan Cilacap dan menghasilkan
fragmen RFLP adalah Alu1 dan Vsp1, pemcemaran
logam berat khususnya Pb pada sedimen dapat
mengakibatkan mutasi basa nukleotida pada gen
sitokrom c oksidase 1 dari Polymesoda erosa, ini
gen sitokrom c oksidase 1 dapat digunakan sebagai
penciri molekuler pada populasi Polymesoda erosa
yang hidup diperairan tercemar dan tidak tercemar,
dan populasi kerang totok dari segara
anakan cilacap memiliki keragaman genetic yang
tinggi meskipun jika dilihat dari masing-masing
subpopulasi ada subpopulasi yang tidak beragam
dan ada yang beragam.
Kata Kunci: Polusi, Polymesoda erosa, sitokrom c
oksidase 1, PCR RFLP, enzim restriksi