Kemunculan Gen Mycobacterium tuberculosis dari Sampel Darah Pasien Pengobatan Tuberkulosis Fase Konversi Menggunakan PCR yang Tidak Terdeteksi dengan Evaluasi Pewarnaan Bakteri di Puskesmas Janti

Abstract

Fase konversi pada pengobatan tuberkulosis merupakan fase dilakukannya pemeriksaan terhadap pasien tuberkulosis untuk memastikan apakah pasien melanjutkan pengobatan ke tahap lanjutan atau mengulangi pengobatannya. Sayangnya, evaluasi yang dilakukan di puskesmas masih menggunakan metode pewarnaan mikroskopis dengan tingkat spesifisitas yang rendah meski masih merupakan metode standar. Banyaknya hasil bias dari penggunaan metode tersebut dapat memunculkan masalah baru terkait resistensi yang dikenal dengan mutidrug resistant-tuberculosis (MDR-TB). Pendekatan identifikasi secara molekuler dikenal lebih spesifik dan akurat dalam mengidentifikasi mikroorganisme. Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan spesifisitas dan sensitivitas antara metode molekular dengan metode pewarnaan. Penelitian ini menggunakan 17 sampel darah pasien tuberkulosis fase konversi disertai satu kontrol positif dan kontrol negatif yang diambil dalam rentang waktu Oktober–November 2020. Sekuens primer yang digunakan pada penelitian ini adalah 16s rRNA bakteri dengan primer forward yang mempunyai urutan basa ACT GAG ATA CGG CCC AGA CT dan reverse TCA CGA ACA ACG CGA CAA AC. Penelitian diawali dengan melakukan optimasi pada variasi jumlah siklus, melting temperature (Tm), dan konsentrasi DNA templat, yang kemudian dilanjutkan dengan identifikasi bakteri pada sampel darah pasien. Pada hasil PCR, dihasilkan satu pita dengan ukuran 279 pb dengan kondisi optimum amplifikasi pada siklus 35, Tm 60˚C, dan konsentrasi DNA templat 5µmol. Hasil penelitian menunjukkan adanya 2 sampel yang positif dari 17 sampel yang diidentifikasi menggunakan PCR, sedangkan berdasarkan data objektif pada identifikasi secara mikroskopis tidak ada satupun sampel yang positif. Dapat disimpulkan bahwa terdapat perbedaan antara hasil yang diperoleh dari identifikasi secara pewarnaan mikroskopis dan metode PCR.

Kata kunci: 16s rRNA, darah, Mycobacterium tuberculosis

The Emerge of Mycobacterium tuberculosis Gene from Blood Sample of Tuberculosis Conversion Phase Treatment Patient Using PCR which Staining Evaluation has Not Detected in Janti Public Health Center

Abstract

The conversion phase in tuberculosis treatment examines patients to ensure the possibility of further advancement. Despite its low specificity, microscopic evaluation is a standard method at public health centers. Moreover, the biased results from this method form a new problem related to multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB). Molecular approaches are known for their high specificity and accuracy in microbial identification. Therefore, this study aimed to compare the specificity and sensitivity of molecular and microscopic methods. The sample used was 17 blood of tuberculosis patients in the conversion phase accompanied by one positive and negative control collected from October to November 2020. The DNA sequence was 16s RNA with forwarding ACT GAG ATA CGG CCC AGA CT and reverse primer TCA CGA ACA ACG CGA CAA AC. Furthermore, the research was conducted by optimizing variations in the number of cycles, temperature melting (Tm), and template DNA concentration. The results showed 279 bp length of PCR product, under the optimum conditions under 35 cycles, Tm of 60˚C, and template DNA concentration of 5 µmol. The PCR result identified that 2 of 17 samples contain positive Mycobacterium tuberculosis. Meanwhile, none was positive on microscopic evaluation. Therefore, there are different results between microscopic and molecular methods.

Keywords: 16s rRNA, blood, Mycobacterium tuberculosis