DETERMINASI URUTAN NUKLEOTIDA PADA PLASMID MITOKONDRIA Paramecium caudatum stok GT704

Abstrak

Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menentukan urutan nukleotida dari DNA
plasmid pada mitokondria dalam P. caudatum stok GT704 dalam rangka
mengidentifikasi produk-produk gen potensial dan juga yang bertanggung jawab
dalam pemeliharaan DNA itu sendiri di dalam mitokondria. Metoda yang
digunakan dalam penelitian ini adalah isolasi DNA, cloning dan sekuensing dan
diikuti dengan analisis urutan-urutan nukleotida yang didapat dengan
menggunakan program yang tersedia secara on line di internet. Dimer-dimer
ditemukan mudah berdisosiasi menjadi monomer apabila diperlakukan dalam
kondisi panas dengan kekuatan ion yang rendah. Dimer-dimer tersebut dapat
distabilkan dengan cara ligasi. Hasil ini menunjukkan bahwa masing-masing
monomer mempunyai suatu ujung lengket sticky yang komplementer antara
monomer-monomer yang sejenis sehingga dapat membentuk dimmer, dengan
meninggalkan suatu nick yang dapat diligasi dengan menggunakan ligase.
Urutan-urutan nukleotida dari beberapa DNA plasmid tersebut telah ditentukan
secara acak. Hasil analisis urutan-urutan nukleotida memperlihatkan bahwa DNA
dimer mempunyai 2 ORF yang mengkode RNA polimerase putatif. Diasumsikan
bahwa asal mula DNA plasmid ini adalah elemen yang dapat berpindah atau
semacam virus lainnya karena urutan-urutan nukleotida dari motif EVI-1 ectopic
viral integration site-1 ditemukan. Diasumsikan juga bahwa DNA plasmid ini dapat
berintegrasi ke mtDNA karena mempunyai urutan-urutan nukleotida yang
homolog dengan mtDNA dari beberapa siliata.
Kata kunci : Paramecium caudatum, plasmid linier, mitokondria, RNA polimerase putatif