IDENTIFIKASI POLIMORFIS MARKA-MARKA MOLEKULER YANG DIDUGA BERKAITAN DENGAN KARAKTER DAYA HASIL TINGGI PADA 30 GENOTIP PADI

Abstract

Identifikasi marka polimorfis yang diduga berasosiasi dengan karakter daya hasil tinggi sangat penting dilakukan guna aplikasi seleksi berbasis marka dalam rangka perakitan padi berdaya hasil tinggi. Penelitian ini dilakukan untuk mengidentifikasi 30 genotip padi yang diduga berdaya hasil tinggi dengan menggunakan marka SSR. Amplifikasi produk PCR dipisahkan dengan menggunakan gel agarose 3% atau polyacrylamide gel electrophoresis (PAGE) 8%. Tingkat keinformatifan marka dapat ditentukan dengan cara penghitungan Polymorphic Information Content (PIC). Hasil analisis menunjukan bahwa marka OSBLE3, RM 282, dan RM 259 memiliki nilai PIC ≥ 0,5. Marka SSR dan marka gen spesifik yang digunakan untuk mengidentifikasi padi berdaya hasil tinggi menunjukkan bahwa tiga genotip padi terseleksi dapat direkomendasikan sebagai tetua donor dalam persilangan diantaranya yaitu genotip #1 (Fatmawati), #3 (Inpari13), dan #30 (IPB 160-F-3-3-1). Marka molekuler yang digunakan dapat memperkirakan tingkat polimorfisme dan juga berguna untuk mengkonfirmasi genotip padi yang berpotensi daya hasil tinggi.