PREDIKSI STRUKTUR 2-DIMENSI NON-CODING RNA DARI BIOMARKER KANKER PAYUDARA TRIPLE-NEGATIVE DENGAN VIENNA RNA PACKAGE

Abstract

Berdasarkan data WHO, kanker adalah penyakit yang paling berbahaya. Dewasa ini para peneliti sedang berusaha memahami mekanisme molekular kanker. Berdasarkan dogma sentral, hanya protein coding gene yang diketahui fungsinya, sementara non-coding gene belum dapat dijelaskan. Kemudian, diketahui bahwa non-coding RNA (ncRNA) berperan dominan dalam regulasi molekular sel, sehingga berpengaruh secara langsung kepada proliferasi kanker. Dalam hal ini, instrumen RNA-seq maupun Tiling Array sudah mengumpulkan banyak data biologis dan mendeposisikannya kepada database genom. Diketahui bahwa, ncRNA tidak hanya dapat berperan sebagai biomarker untuk diagnostik kanker, namun juga akan dapat dikembangkan sebagai agen terapeutik. Kanker payudara memiliki empat subtipe molekular, yaitu luminal A, luminal B, Her-2 dan triple negative/basal-like. Kanker Payudara Triple-negative (TNBC) merupakan penyakit yang sangat berbahaya dan belum ditemukan pengobatan yang efektif. Memahami mekanisme dan struktur ncRNA pada Biomarker TNBC merupakan langkah awal untuk menentukan agen terapeutik dan propilaksis terbaik. Diketahui bahwa jalur ekspresi lincRNA-RoR/miR-145/ARF6 berperan dalam proliferasi TNBC. Berdasarkan pencarian di GenBank, ditemukan  lema-lema ncRNA untuk jalur tersebut. Hasil pencarian diolah dengan software Vienna RNA Package, untuk ditentukan struktur 2 dimensi (2-D) yang solid. Kedepannya, diharapkan dengan mencegah terbentuknya struktur 2-D tersebut, maka semua gen tersebut akan menjadi tidak aktif dan menghentikan proliferasi kanker.